由於海岸和河口是人類最早開發利用的地區，也是人口最密集的地區，而隨著工商業快速發展，淺海和河口地區面臨的環境衝擊也最嚴重，對海洋生物多樣性保育帶來嚴重威脅，這些威脅主要包括下列各項。
（一）棲地破壞
海岸棲地破壞包括：填海造陸、海岸開墾、溼地破壞、港灣和堤防構築等。特別是近30年來，臺灣在缺乏完善的國土規劃政策下, 以經濟掛帥為前提，競相開發海岸為工業區，造成海岸溼地被大規模開發利用，使得溼地和自然海岸迅速消失，取而代之的是養殖漁塭、工業區或水泥化的海岸，嚴重威脅到淺海生物的生存和生態功能（孫寶年, 1999）。
（二）過度利用
漁業是人類利用海洋生物資源最悠久的產業，隨著人們捕魚技術的進步，以及各種漁業科技的應用，海洋生物資源已經遭受嚴重的破壞，根據聯合國世界糧農組織（FAO）的估計，全球47~50﹪的漁業資源已被充分開發利用，15~18﹪已被過度利用，9~10﹪已枯竭，因此，過漁（over fishing）是海洋漁業普遍的問題（Botsford et al. 1997; Jackson et al. 2001）。臺灣沿岸和近海本來擁有非常豐富的漁業資源，例如臺灣海峽是底棲和洄游魚類、蝦蟹類和貝介類的重要漁場，而東部海域則是大洋洄游魚類的重要漁場，東北部和東南部的湧升流海域更有豐沛的漁業資源（胡興華，2003）。但是近30年來，由於過度捕撈和一些非法漁業行為的盛行（包括：炸魚、毒魚、電魚等），已使得資源枯竭（賈福相, 1998；邵廣昭，2000）。
（三）海洋污染
海洋污染包括優氧化、毒物、重金屬污染、油污染、熱污染、廢棄物污染…等。臺灣沿海的污染物質主要來自陸地，主要污染源有市鎮污水、工業廢水及畜牧廢水等，這些污染物質經由河川、港口、沿岸和海洋放流管排放入海。近三十年來，臺灣的經濟快速成長，污染物質也快速增加，使得臺灣西部大部分河川的中、下游都受嚴重污染，這些污染源排入沿海，再加上海港和海洋放流管排入海的污水, 遠超過海水的自淨能力，使得西部海岸生態系的污染問題十分嚴重。即使是北部、南部和東部沿岸的珊瑚礁海域，也遭受沿岸土地開發帶來的沉積物污染，以及市鎮污水的有機污染，使得珊瑚礁的存續飽受威脅（李永適, 1999）。
（四）外來種入侵
隨著國際間的往來頻繁，外來種經常在有意無意之間就被引進，而外來種入侵往往對本土生物和生態系造成嚴重的傷害。
（五）氣候變遷
全球氣候變遷包括溫室效應所引起的水溫升高和海平面變遷、臭氧層破洞所引起的紫外線增加、氣候異常所導致的土石流和疾病流行等。歷年來，水溫升高導致大規模珊瑚白化的事件已有多起，為珊瑚礁的存續帶來嚴重考驗；海平面變遷會對淺海生物造成重大影響，臭氧層破壞導致海洋生物的異常病變，甚至海洋生物的疾病蔓延都與氣候變化有關（Harvell et al. 1999）。
（一）棲地破壞
海岸棲地破壞包括：填海造陸、海岸開墾、溼地破壞、港灣和堤防構築等。特別是近30年來，臺灣在缺乏完善的國土規劃政策下, 以經濟掛帥為前提，競相開發海岸為工業區，造成海岸溼地被大規模開發利用，使得溼地和自然海岸迅速消失，取而代之的是養殖漁塭、工業區或水泥化的海岸，嚴重威脅到淺海生物的生存和生態功能（孫寶年, 1999）。
（二）過度利用
漁業是人類利用海洋生物資源最悠久的產業，隨著人們捕魚技術的進步，以及各種漁業科技的應用，海洋生物資源已經遭受嚴重的破壞，根據聯合國世界糧農組織（FAO）的估計，全球47~50﹪的漁業資源已被充分開發利用，15~18﹪已被過度利用，9~10﹪已枯竭，因此，過漁（over fishing）是海洋漁業普遍的問題（Botsford et al. 1997; Jackson et al. 2001）。臺灣沿岸和近海本來擁有非常豐富的漁業資源，例如臺灣海峽是底棲和洄游魚類、蝦蟹類和貝介類的重要漁場，而東部海域則是大洋洄游魚類的重要漁場，東北部和東南部的湧升流海域更有豐沛的漁業資源（胡興華，2003）。但是近30年來，由於過度捕撈和一些非法漁業行為的盛行（包括：炸魚、毒魚、電魚等），已使得資源枯竭（賈福相, 1998；邵廣昭，2000）。
（三）海洋污染
海洋污染包括優氧化、毒物、重金屬污染、油污染、熱污染、廢棄物污染…等。臺灣沿海的污染物質主要來自陸地，主要污染源有市鎮污水、工業廢水及畜牧廢水等，這些污染物質經由河川、港口、沿岸和海洋放流管排放入海。近三十年來，臺灣的經濟快速成長，污染物質也快速增加，使得臺灣西部大部分河川的中、下游都受嚴重污染，這些污染源排入沿海，再加上海港和海洋放流管排入海的污水, 遠超過海水的自淨能力，使得西部海岸生態系的污染問題十分嚴重。即使是北部、南部和東部沿岸的珊瑚礁海域，也遭受沿岸土地開發帶來的沉積物污染，以及市鎮污水的有機污染，使得珊瑚礁的存續飽受威脅（李永適, 1999）。
（四）外來種入侵
隨著國際間的往來頻繁，外來種經常在有意無意之間就被引進，而外來種入侵往往對本土生物和生態系造成嚴重的傷害。
（五）氣候變遷
全球氣候變遷包括溫室效應所引起的水溫升高和海平面變遷、臭氧層破洞所引起的紫外線增加、氣候異常所導致的土石流和疾病流行等。歷年來，水溫升高導致大規模珊瑚白化的事件已有多起，為珊瑚礁的存續帶來嚴重考驗；海平面變遷會對淺海生物造成重大影響，臭氧層破壞導致海洋生物的異常病變，甚至海洋生物的疾病蔓延都與氣候變化有關（Harvell et al. 1999）。
妮靜於2009.03.17發佈
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